令和３年５月３１日、国税庁は、企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の税務上の取扱いを公表しました。
追加されたＦＡＱは、次のようなものです（５の問９－５）。
《企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の取扱い》〔令和３年５月３１日追加〕
当社では、新型コロナウイルス感染症に関する感染予防対策として、従業員が負担した次のような費用を従業員に支給する予定ですが、このような費用の支給については、従業員に対する給与として課税対象となりますか。
また、このような費用の支給は法人税の損金の額に算入できますか。
①マスク、石鹸、消毒液、消毒用ペーパー、手袋などの消耗品の購入費
②従業員の自宅に設置する間仕切り、カーテン、椅子、机、空気清浄機などの備品の購入費
③感染が疑われる場合のホテル等の利用料・ホテル等までの交通費など
④ＰＣＲ検査費用、室内消毒の外部への委託費用など
＜所得税について＞
質問の費用の支給に係る従業員の所得税の課税関係については、それぞれの費用の事実関係によって、次のとおり。
【①マスク、石鹸、消毒液、消毒用ペーパー、手袋などの消耗品の購入費】
●業務のために通常必要な費用を精算する方法により支給する一定の金銭
⇒ 給与として課税されない（企業がマスク等を直接配付する場合も同様）
●通常必要な費用以外の費用について支給するものや、従業員の家族など従業員以外の者に支給するもの、あらかじめ支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でも返還する必要がないもの
⇒ 給与として課税対象となる
【②テレワークを行うための環境整備費用（従業員の自宅に設置する間仕切り、カーテン、椅子、机、空気清浄機などの備品）の購入費】
●業務のために通常必要な費用を精算する方法により支給する一定の金銭
⇒ 給与として課税されない（備品の所有権を従業員が有するものは除く）
●企業が所有する備品を専ら業務に使用する目的で従業員に貸与する場合
⇒ 給与として課税されない
●業務のために通常必要な費用以外の費用について支給するもの（勤務とは関係なく使用する電化製品など）や、あらかじめ支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でも返還する必要がないもの、備品の所有権を従業員が有するもの（貸与ではなく支給するもの）
⇒ 給与として課税対象となる
【③感染が疑われる場合のホテル等の利用料・ホテル等までの交通費など】
●業務のために通常必要な費用（職場以外の場所で勤務することを企業が認めている場合のその勤務に係る通常必要な利用料、交通費など）を精算する方法または企業の旅費規程等に基づいて支給する一定の金銭
⇒ 給与として課税されない（企業がホテル等に利用料等を直接支払う場合も同様）
●業務のために通常必要な費用以外の費用について支給するもの（従業員が自己の判断によりホテル等に宿泊した場合の利用料など）や、あらかじめ支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でも返還する必要がないもの
⇒ 給与として課税対象となる
【④ＰＣＲ検査費用、室内消毒の外部への委託費用など】
●業務のために通常必要な費用（業務命令により受けたPCR検査費用や、テレワークに関連して業務スペースを消毒する必要がある場合の費用など）について、その費用を精算する方法により支給する一定の金銭
⇒ 給与として課税されない（企業が検査機関や委託先等に費用を直接支払う場合も同様）
●業務のために通常必要な費用以外の費用（従業員が自己の判断により受けたPCR検査費用や、従業員が自己の判断により支出した消毒費用など）や、あらかじめ支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でも返還する必要がないもの
⇒ 給与として課税対象となる
＜法人税について＞
質問の費用の支給に係る企業の法人税の課税関係については、原則として、消耗品費、旅費交通費等や給与として損金の額に算入できることとなる。
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＜問９－５《企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の取扱い》〔令和3年5月31日追加〕＞
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kansensho/faq/04.htm#q4-9-5
最新版ＦＡＱもご確認ください。
＜「国税における新型コロナウイルス感染症拡大防止への対応と申告や納税などの当面の税務上の取扱いに関するFAQ」に「企業が従業員の感染予防対策費用を負担した場合の取扱い」を追加しました（令和3年5月31日）＞
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kansensho/faq/index.htm